W latach 1998-1999 Mukhtar Ablyazov zajmował stanowisko ministra energetyki, przemysłu i handlu w Republice Kazachstanu. W listopadzie 2001 roku Muhktar Ablyazov wspólnie z innymi działaczami politycznymi stał się jednym z założycieli i uczestników ruchu opozycyjnego „Demokratyczny Wybór Kazachstanu”(DWK), występującego w obronie idei decentralizacji władzy, walki z korupcją, obrony praw człowieka i wolności słowa. Zjednoczenie sił opozycyjnych stało się najpoważniejszym wyzwaniem dla autorytarnego przywódcy w ciągu 24 lat sprawowania przez niego rządów. Po dokonaniu publicznego oświadczenia o utworzeniu ruchu opozycyjnego Mukhtar Ablyazov i jego otoczenie zostali narażeni na ściganie przez prawo.
W marcu 2002 roku Mukhtar Ablyazov został aresztowany z powodu oskarżenia o przekroczenie uprawnień służbowych w czasie sprawowania funkcji ministra energetyki. W efekcie 18.07.2002 Sąd Najwyższy RK skazał go na 6 lat pozbawienia wolności za przekroczenie uprawnień służbowych i zajmowanie się nielegalną przedsiębiorczością. Międzynarodowi obserwatorzy z ramienia Human Rights Watch, Amnesty International, Parlamentu Europejskiego, Departamentu Stanu USA oraz innych organizacji odnotowywali, że postępowanie prowadzone przed sądem przeciwko Mukhtarowi Ablyazovowi prowadzone było w sposób jak najbardziej niejawny i charakteryzowało się wieloma naruszeniami procesowymi. W więzieniu Mukhtar Ablyazov był wielokrotnie torturowany i bity, co spowodowało, trudności z poruszaniem się przez długi okres czasu.
13.05.2003 Nursultan Nazarbayev podpisał dekret w sprawie ułaskawienia eks ministra. Następnego dnia, na konferencji prasowej Mukhtar Ablyazov złożył publiczne oświadczenie, że odchodzi z polityki i odtąd będzie się koncentrować wyłącznie na biznesie. W swoich zeznaniach złożonych przed Sądem Najwyższym Anglii, Mukhtar Ablyazov powiedział, że, jednym z warunków zwolnienia w 2003 roku była jego rezygnacja z prowadzenia działalności politycznej, na której złożenie nalegał Nursultan Nazarbayev.
Od 2005 roku Mukhtar Ablyazov był prezesem rady nadzorczej BTA Banku, który w 2009 stał się jednym z najszybciej rozwijających się prywatnych banków na obszarze WNP.
W 2009 roku Mukhtar Ablyazov ponownie popadł w niełaskę Prezydenta Nursultana Nazarbayeva w związku z kontynuowaniem działalności politycznej. Ponadto, z powodu sukcesów banku i jego wysokich dochodów, zdaniem Mukhtara Ablyazova, od 2008 roku Nursultan Nazarbayev oraz członkowie jego rodziny domagali się przepisania znacznej części udziałów BTA Banku na siebie po cenie niższej niż wynosiła wartość rynkowa akcji. Mukhtar Ablyazov nie godził się na warunki Nursultana Nazarbayeva, w efekcie pod pretekstem prowadzenia walki z kryzysem gospodarczym prezydent Kazachstanu zaczął nalegać, aby państwo znacjonalizowało i przejęło pełną kontrolę nad BTA Bankiem. 02.02.2009 na posiedzeniu Gabinetu Ministrów zostało złożone oświadczenie, że państwo bierze pod swoją kontrolę dwa kluczowe banki w kraju — BTA Bank i Alians. Formalnie przeprowadzenie takich działań było uzależnione od stwierdzenia przez państwowe organy nadzoru finansowego występowania rażących nadużyć w działaniach BTA Banku, chociaż przed rozpoczęciem konfliktu pomiędzy prezydentem a Mukhtarem Ablyazovem, nie było mowy o jakichkolwiek nadużyciach w działaniach banku. Wręcz przeciwnie, w 2006 i 2007 roku BTA Bank został ogłoszony najlepszym bankiem w Azji Środkowej przez międzynarodowe czasopismo Euromoney, a w 2008 roku zajął 173 miejsce na liście najlepszych banków na świecie (według wersji czasopisma gospodarczego The Banker). 02.02.2009 przewodniczący rady nadzorczej Mukhtar Ablyazov i jego pierwszy zastępca Zhaksylyk Zharimbetov zostali usunięci z zajmowanych stanowisk.
Sprawowana przez państwo kontrola doprowadziła do pogorszenia stanu finansowego BTA Banku.Agencja Bloomberga zaznacza, że na skutek niewłaściwych działań nowego kierownictwa BTA Banku, w postaci restrukturyzacji, międzynarodowi wierzyciele stracili 56% swoich inwestycji w banku.Global Rating Group także wskazała na rozczarowanie zagranicznych inwestorów, których zaufanie zostało nadszarpnięte na skutek efektów restrukturyzacji. Zdaniem prezesa Global Rating Group, – państwo popełniło błąd taktyczny, przejmując bank przed defaultem.
20.03.2009 Prokuratura Generalna rozpoczęła postępowanie karne przeciwko byłym szefom BTA Banku, w tym Mukhtarovi Ablyazovowi, na podstawie następujących artykułów Kodeksu Karnego Republiki Kazachstanu (kk RK)
– art. 176 kk RK (przywłaszczenie powierzonego mienia),
– art. 235 kk RK (utworzenie zorganizowanej grupy przestępczej),
– art. 193 kk RK (legalizacja nielegalnie nabytych środków).
Według oficjalnej wersji, w okresie od 2005 do 2008 roku, w tajemnicy i nielegalnie, przy pomocy podstawionych firm, wyprowadzili oni z banku za granicę i przywłaszczyli 6 mld dolarów. Sprawy karne zostały wszczęte także na Ukrainie i w Rosji. 25.12.2009 12 pozostali w Kazachstanie top-menedżerowie zostali skazani na na kary od 2 do 8 lat pozbawienia wolności.Za pozostałymi szefami BTA Banku, w tym Mukhtarem Ablyazovem, ogłoszone zostały międzypaństwowe i międzynarodowe listy gończe. Mukhtar Ablyazov jest poszukiwany międzynarodowym listem gończym ogłoszonym przez organy śledcze Federacji Rosyjskiej.
W 2009 roku nowe kierownictwo BTA Banku złożyło szereg pozwów przeciwko Mukhtarovi Ablyazovowi do Sądu Najwyższego Wielkiej Brytanii, gdzie przebywał były szef banku. 29.01.2011 londyńska policja przedstawiła Mukhtarovi Ablyazovowi „ostrzeżenie Osmana” („Osman warnings”), w którym stwierdzono: „Może Pan stać się obiektem porwania lub może zostać Panu wyrządzona krzywda fizyczna, mająca podłoże polityczne. Policja nie ma możliwości zapewnienia Panu ochrony przed tym zagrożeniem, na zasadzie udzielenia całodniowej, jak i godzinowej ochrony”. 07.07.2011 rząd Wielkiej Brytanii, powołując się na ewentualne motywy polityczne ścigania karnego Mukhtara Ablyazova, udzieliło mu azylu.
23.11.2012 Sąd Najwyższy w Londynie dokonał egzekucji 2,1 mld dolarów od Mukhtara Ablyazova na korzyść kazachskiego BTA Banku, z tytułu dwóch pozwów cywilnych. W swoich zeznaniach złożonych przed Sądem Najwyższym Anglii Mukhtar Ablyazov dowodził, że pozwy złożone z inicjatywy ścisłego kierownictwa BTA Bank, to polityczne ataki ze strony Prezydenta RK Nursultana Nazarbayeva, które miały miejsce już wcześniej. 16.02.2012 sędzia Nigel Teare podjął decyzję o tymczasowym aresztowaniu Mukhtara Ablyazova na okres 22 miesięcy za złamanie postanowienia londyńskiego sądu, dotyczącego konieczności całkowitego ujawnienia aktywów (sam Mukhtar Ablyazov uzasadnił to tym, że dla osób trzecich takie ujawnienie niesie w sobie potencjalne zagrożenie ze strony reżimu prezydenta Nursultana Nazarbayeva). Następnie, w związku z rosnącym zagrożeniem dla swojego bezpieczeństwa, Mukhtar Ablyazov opuścił teren Wielkiej Brytanii i miejsce jego pobytu stało się nieznane.
31.07.2013 francuskie biuro Interpolu poinformowało, że na południu Francji, niedaleko Cannes, policja dokonała zatrzymania byłego szefa kazachskiego BTA Banku i znanego opozycjonisty Mukhtara Ablyazova. Zatrzymania dokonano na podstawie wniosku ukraińskich organów ścigania o ekstradycję kazachskiego polityka. 01.08.2013 w pobliskim mieście Aix-en-Provence odbyło się pierwsze posiedzenie sądu w sprawie Mukhtara Ablyazova. W chwili obecnej Muhktar Ablyazov przebywa w areszcie tymczasowym, dopóki francuska prokuratura nie zapozna się z wnioskiem Ukrainy dotyczącym ekstradycji.
Wykorzystując w niewłaściwy sposób uprawnienia Interpolu, władze Kazachstanu wzmocniły prześladowania krewnych i współpracowników w Europie, znajdującego się w niełasce opozycjonisty Mukhtara Ablyzova.
12.05.2012 na terenie Republiki Czeskiej, w Karlovych Varach została zatrzymana obywatelka Rosji Tatyana Paraskevich, była współpracownica Mukhtara Ablyzova. Kijowski adwokat Yevgeniy Pugachev oświadczył, że ściganie karne Tatyany Paraskevich zostało „wszczęte bezpodstawnie i ma na celu rozwiązanie spraw politycznych i gospodarczych” dotyczących Ablyazova М.К.”. 12.06.2013 polska policja, działająca na podstawie nakazu aresztowania, wydanego przez Interpol, dokonała aresztowania kazachskiego opozycyjnego polityka Мuratbeka Ketebayeva. Prokuratura Okręgowa w Lublinie, zarzuty skierowane przeciwko Muratbekowi Ketebayevowi określiła, jako prawdopodobnie noszące charakter polityczny. 13.06.2013 Мuratbek Ketebayev po przesłuchaniu w prokuraturze od razu został zwolniony z izby zatrzymań, a informacje na jego temat zostały usunięte z baz danych Interpolu. Pod pretekstem fałszywych oskarżeń o terroryzm kazachskie władze usiłują uzyskać ekstradycję jeszcze jednego człowieka z otoczenia Mukhtara Ablyazova – jego byłego szefa ochrony Aleksandra Pavlovа. W nocy z 28.05.2013 na 29.05.2013 na przedmieściach Rzymu zatrzymano Almę Shalabayevą, żonę Mukhtara Ablyazova. W nocy z 31.05.2013 na 01.06.2013 Alma Shalabayeva i jej 6-letnia córka Alua Ablyazova zostały niezgodnie z prawem deportowane do Kazachstanu. Deportacja nosiła cechy zaplanowanej operacji specjalnej.
Rząd Kazachstanu oskarżył Mukhtara Ablyazova o finansowanie zhanaozeńskich wydarzeń w 2011 roku, co dało podstawę dla skazania lidera opozycji Vladimira Kozlova (stojącego na czele opozycyjnej partii „Aga!”, następczyni partii DWK), wydania zakazu prowadzenia działalności dla oskarżonych o ekstremizm 34 niepaństwowych mediów i opozycyjnej partii „Alga!”. Rząd oskarżył je o współpracę z Mukhtarem Ablyzovem. Procesy sądowe miały charakter politycznego zamówienia i wyraźnie oskarżycielskie nastawienie. Do dnia dzisiejszego na tej podstawie organy ścigania dokonują aresztowań polityków i działaczy obywatelskich. W ten sposób walka polityczna z głównym oponentem reżimu przerodziła się w brutalne łamanie praw obywatelskich i politycznych nie tylko w Kazachstanie, ale również przeniosła się na teren Europy, gdzie kazachskie władze wszelkimi możliwymi sposobami usiłują dosięgnąć swoich politycznych oponentów.